Der Verein selbst wurde im Jahr 1936 gegründet und besaß zunächst abgesehen von privaten Pflegestellen keine eigene Unterbringungsmöglichkeit für bedürftige Tiere. 1955 überließ ihm dann die Stadt eine Barackensiedlung auf dem heute noch genutzten Gelände. Die Haltungsbedingungen waren jedoch nach der überarbeiteten Zwingerhalteverordnung von 1971 nicht mehr zulässig und verlangten nach einem Neubau. Dieser wurde 1979 mit der Planung in Angriff genommen und zwei Jahre darauf mit der Einweihung der neuen Häuser nach modernsten Vorschriften abgeschlossen. Die nächsten zwei Dekaden blieben die Gebäude weitgehend unverändert, von kleineren Anpassungen abgesehen. Seit ca. 1999 beherbergte das Tübinger Tierheim auch Kleintiere, um die bisherige Pflegestelle von Frau Majer zu entlasten. Diese wurden in Käfigen in einem ehemaligen Katzenzimmer untergebracht. Da eine solche Haltung, zumindest auf Dauer, nicht Artgerecht ist, und immer mehr Kleintiere ins Tierheim kamen, begannen im Jahr 2000 die Planungen für ein Kleintierhaus. Im Sommer 2002 wurde dann dieser Neubau für Vögel und Kleintiere, nebst umgebauten Katzenausläufen, eingeweiht.